题目：一种新的干性相关lncRNA特征可预测透明细胞肾细胞癌的预后、免疫浸润和药物敏感性

研究背景：透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是一种在泌尿生殖系统中常见的恶性肿瘤，其异质性明显。干性作为肿瘤进展、复发及转移的关键因素，对ccRCC的预后影响尚不明确。研究表明长非编码RNA（lncRNA）能够调控基因表达，参与ccRCC的增殖和凋亡过程。然而，干性相关lncRNA（SRlncRNA）在ccRCC中的表达及其作用仍需进一步探索。

研究思路：本研究旨在探讨ccRCC中的SRlncRNA，并开发风险分层及预后预测特征。研究者首先从TCGA和GEO数据库提取基因表达及临床数据，计算样本的RNA干性得分（RNAss）。接着，利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与RNAss相关的SRlncRNA及干性相关mRNA（SRmRNA），并进行功能富集分析。同时，通过多种机器学习算法构建预后特征，进行模型训练和验证，并分析其在预后、免疫浸润、药物敏感性等方面的差异。此外，研究还将开发基于网络的计算器，以便于临床应用，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行进一步验证。

研究结果：基于RNA干性评分（RNAss）及WGCNA，本研究在TCGA-KIRC队列中构建了共表达网络，识别出452个干性相关lncRNA（SRlncRNAs）。对于mRNA，识别到1907个与RNAss相关的基因，并筛选出1005个SRmRNAs。通过筛选差异表达基因（DEGs），发现这些基因主要参与神经发生、生物发育及细胞功能等过程。同时，DEGs在多条重要生物通路中富集，涉及EB病毒感染和癌症中的转录失调等。

在患者预测方面，研究通过101种算法组合及留一法交叉验证筛选出最优模型。最终，该模型纳入了10个SRlncRNA，确定6个核心SRlncRNA构建预后特征。其中高风险组患者的生存率显著低于低风险组，且该模型展示了良好的预测价值。

经过基因集富集分析，结果显示高风险组在相关免疫通路上表现最为显著。免疫浸润分析显示高风险组的免疫细胞浸润水平较高，且对免疫治疗的反应更佳。研究还预测了不同风险组对多种药物的敏感性，并筛选出7个潜在治疗药物。

此外，突变分析显示高风险组富含高频突变基因，并且肿瘤突变负荷显著增加。通过对样本的临床病理记录分析，发现年龄、分级及风险评分等因素为潜在的预后预测因子，进而构建了列线图。

总结：本研究开发了首个ccRCC干性相关lncRNA特征集，能够有效预测预后、免疫浸润与药物敏感性，揭示了EMX2OS和LINC00944在肿瘤进展中的重要作用。这为ccRCC的精准治疗提供了新靶点。优秀的生信分析经验，尽在88858cc永利官网，我们致力于为您提供全面的实验方案与机制研究服务，助力您的学术发展与职业晋升。